ImageJ – oprogramowanie do analizy i przetwarzania plików graficznych. Oprogramowanie jest w stanie skutecznie analizować obraz i otrzymywać szczegółowe dane techniczne. ImageJ obsługuje większość formatów graficznych i posiada zestaw narzędzi edycyjnych. Oprogramowanie pozwala produkować różne transformacje geometryczne, tworzyć histogramy gęstości przeprowadzić wizualizację 3D, należy wykonać operacje logiczne i arytmetyczne między obrazami itp ImageJ jest w stanie pracować jednocześnie z wieloma obrazami, stosować różne filtry i przeprowadzenie przetwarzania wsadowego akta. ImageJ zawiera wiele plagins które znacznie rozszerzają możliwości oprogramowania.